หน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยราชภัฏเชียงราย ได้เริ่มดำเนินงานตรวจสอบภายในมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2552 โดยสังกัดกองมาตรฐานวิชาการและประกันคุณภาพ ต่อมาในปี พ.ศ. 2556 ได้ย้ายสังกัดไปอยู่ภายใต้กองกลาง สำนักงานอธิการบดีจนถึงปัจจุบัน หน่วยตรวจสอบภายในมีหน้าที่ปฏิบัติงานตรวจสอบภายในให้เป็นไปตามระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2551 และมุ่งพัฒนาบุคลากรและการปฏิบัติงานให้เป็นไปตามมาตรฐานการตรวจสอบภายในและจริยธรรมของผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการ